一个健康的鱼缸依赖于保持清洁的水，这样做需要一些过滤水去除污染物和净化水的方法。从技术上讲，鱼缸厂家常用三种过滤鱼缸水的方法：生物过滤、化学过滤以及机械过滤。
  
  生物过滤是指有益细菌分解氨和亚硝酸盐并将其转化为化合物硝酸盐的过程，其中毒性低得多。为了使有益细菌茁壮成长，需要富含氧气的水，以及细菌可以附着的表面，例如岩石或沙子。所有鱼缸都应该有一些生物过滤的规定，而且只有非常小的鱼群，仅此一个就足以维持鱼缸。然而，在大多数鱼缸中，生物过滤只是一种与其他方法相结合的方法。
  
  化学过滤是化学添加剂从水中去除溶解的废物的过程，常见的化学过滤方法使用活性炭。
  
  机械过滤是大多数人认为的真正的过滤机械，通过循环水并通过某种鱼缸过滤器将水从中去除，从而去除水中的固体颗粒。重要的是要理解单独的机械过滤是不充分的，因为它不会去除或转化水中的氨，硝酸盐或亚硝酸盐。机械过滤用于在自由漂浮的废物腐烂成有害物质之前将其去除，并且有利的是过滤材料必须每两到四周清洁或更换一次。除了过滤水中的污染物外，机械过滤还有助于对水进行曝气。